在香港回歸前，鄭耀棠在關鍵時刻向全國人大會議提出，終止港英政府的「三違反」政改方案的提案，獲得30多位人大代表聯署，並在全國人大會議通過。該議案的決定對回歸過程相當重要。鄭耀棠有幸參與國家重大決策，確保香港平穩過渡。

　　此外，在「一國」的優勢下，香港如何發揮「兩制」的獨特位置，與內地發揮互利互惠的合作模式特別重要。鄭耀棠與一些專業人士於1998年9月組織一個兩地融合的發展研究基金，積極研究探討兩地合作和強化中國人身份認同為核心，基金過去向兩地政府提出開發「河套區」為中醫業統籌及創新研發中心；便利港人通關過境的人潮措施，邊境發展和深港交通網絡合作等，促使當局積極回應，成功爭取2003年1月皇崗口岸實施24小時通關；以及兩地政府於2017年1月簽訂河套區發展合作備忘錄。